生化過濾依靠的是硝化細(xì)菌，硝化細(xì)菌的數(shù)量直接影響凈水效能。硝化細(xì)菌的數(shù)量和濾材的表面積有關(guān)：表面積越大就能附著越多的硝化細(xì)菌。有資料顯示，火山石的比表面積是300平方米/立方，K1是500平方米/立方。還有一種micro k1的東西，國(guó)內(nèi)電商平臺(tái)上面沒有見過，比表面積是950平方米/立方。常見的過濾還有沼澤過濾，這個(gè)屬于是被動(dòng)過濾，濾材上的硝化細(xì)菌因?yàn)榈貌坏阶銐虻难鯕?，硝化反?yīng)比較慢，大多數(shù)商超暫養(yǎng)用的就是這種過濾，優(yōu)點(diǎn)是建造完成后基本無需維護(hù)。
在分解細(xì)菌的作用下，再進(jìn)一步轉(zhuǎn)化成了氨。被魚類吃掉的一部分經(jīng)過魚類的消化，也轉(zhuǎn)變成氨。殊途同歸的氨在分子態(tài)時(shí)是一種劇毒物質(zhì)。在硝化細(xì)菌的作用下，它會(huì)被轉(zhuǎn)化成亞鹽。亞鹽是一種不太穩(wěn)定的物質(zhì)。在高氧化還原電位的情況下，會(huì)被氧化成亞鹽。此時(shí)如果有反硝化細(xì)菌，鹽就會(huì)被轉(zhuǎn)化成N2從水中溢出。這樣，水體中的氮元素就完成了一個(gè)完整的轉(zhuǎn)化分離過程。 在實(shí)踐中，生物過濾的細(xì)菌需要適宜的條件才能起到相應(yīng)的作用。如水體的溫度、PH、溶氧量、合適的碳氧化、殺菌劑等。因此，不僅要求其他系統(tǒng)設(shè)備與生物過濾器配套，更對(duì)操作者有一定的技術(shù)要求。
循環(huán)水養(yǎng)殖系統(tǒng)原理：從第1個(gè)1400平米養(yǎng)殖車間的水源經(jīng)過蛋白分離（泡沫分離器）、沉淀池沉淀后將水源流向下一個(gè)1400平米養(yǎng)殖車間繼續(xù)使用，達(dá)到養(yǎng)殖水源兩次利用，循環(huán)用水50%，大大節(jié)約了地下海水。技術(shù)流程：出水→微濾機(jī)過濾→臭氧消毒→蛋白質(zhì)分離器→生物過濾→紫外殺菌→純氧充氧→監(jiān)測(cè)→進(jìn)池。監(jiān)測(cè)系統(tǒng)：監(jiān)測(cè)pH、DO、T、氧化還原電位，帶有報(bào)警系統(tǒng)。日換水量控制在總水量的10%—15%（即50—80 m3）之間。溫控系統(tǒng)采用地下井水交換來控制。充的純氧來自液氧罐。